Entre 1976 y 1983, en el centro clandestino de detención que funcionó en la Brigada de Investigaciones de San Justo (Buenos Aires), operó un aparato represivo integrado por la Policía Bonaerense y el Destacamento de Inteligencia 101 del Ejército. Se cometieron privaciones ilegales de la libertad, torturas y agresiones sexuales contra numerosos civiles por motivos políticos. El tribunal condenó a Jaime Lamont Smart, Miguel Etchecolatz y otros exfuncionarios a las penas de prisión perpetua e inhabilitación absoluta por resultar coautores de crímenes de lesa humanidad en el marco de un genocidio.
Entre marzo de 1976 y septiembre de 1979 en la ciudad de Córdoba y alrededores, personas vinculadas a organizaciones políticas y gremiales fueron secuestradas y sometidas a torturas físicas y psíquicas en centros clandestinos. El accionar fue ejecutado por personal del Departamento de Informaciones (D2) de la Policía Provincial bajo el control operacional del Área 311 del Ejército Argentino. Las víctimas incluyeron a Ricardo Albareda, Raúl Morales y Carlos Moyano, entre otros. El tribunal condenó a Luciano Menéndez, Rodolfo Campos, César Cejas y Hugo Britos a prisión perpetua, y a Miguel Gómez a dieciséis años de prisión; absolvió a Calixto Flores.
El 18-12-2019, el tribunal rechazó el recurso del policía Luis Raúl Ponce, condenado a reclusión perpetua por privación ilegal de la libertad y tortura seguida de muerte de Andrés Alberto Núñez en 1990 en La Plata, declarando el hecho como imprescriptible por ser una grave violación a los DDHH.
Se interpuso una acción colectiva contra la Policía de la Ciudad por mantener a detenidos permanentemente esposados en comisarías debido a la falta de espacio en calabozos. El tribunal dictó la prohibición de esta práctica por considerarla un agravamiento ilegítimo de la detención que afecta la dignidad humana. Las autoridades policiales se comprometieron a emitir directivas para erradicar el uso sistemático de esposas en alojamiento.
Entre 1976 y 1979, en diversas localidades de la Provincia de Buenos Aires (La Plata, City Bell, Ensenada), Miguel Osvaldo Etchecolatz, como Director General de Investigaciones de la Policía Bonaerense, integró un aparato organizado de poder dedicado al exterminio de opositores políticos. Se acreditaron secuestros, aplicaciones de tormentos mediante picana eléctrica y ejecuciones alevosas en perjuicio de Nilda Eloy, Jorge Julio López, Diana Teruggi, Patricia Dell’Orto, Ambrosio de Marco, Nora Formiga, Elena Arce Sahores y Margarita Delgado, operando en centros clandestinos como Arana, el Pozo de Quilmes y La Cacha. El Tribunal dictó sentencia condenatoria imponiendo la pena de reclusión perpetua e inhabilitación absoluta perpetua por crímenes de lesa humanidad cometidos en el marco de un genocidio.
Integrantes de la sección requisa del Penal de Ezeiza sometieron a torturas físicas a los internos L.M.M. y C.D.N. en diciembre de 2007. Tras la golpiza, los agentes obligaron a elaborar certificados médicos falsos que omitían las lesiones. El tribunal revocó absoluciones previas y condenó a los funcionarios involucrados, incluyendo jefes de turno, con penas de hasta 9 años de prisión.
En 1991, el estudiante Freddy Rodríguez Pighi fue detenido ilegalmente por la policía peruana durante una persecución a la que era ajeno. Fue golpeado salvajemente, esposado y ocultado en el baúl de una patrulla policial. Posteriormente fue ejecutado extrajudicialmente en el marco de un plan operativo contra sospechosos de terrorismo. El Estado fue condenado por violar los derechos a la vida, integridad y libertad personal.
Entre 1976 y 1977, en Paraná y Concordia (Entre Ríos), diversas víctimas fueron privadas ilegalmente de su libertad y sometidas a tormentos en unidades militares, dependencias policiales y cárceles por fuerzas conjuntas del Ejército, la Fuerza Aérea, Policías y el Servicio Penitenciario Provincial en el marco de un plan sistemático de represión. Los imputados, quienes se desempeñaban como auditores militares, directores de unidades penales, jefes de regimiento y médicos, participaron en la consumación de estos delitos de lesa humanidad y genocidio. El tribunal condenó a Appelhans y Dasso a prisión perpetua, y a Appiani, Moyano, Bidinost, López Belsue, Rivas y Quintana a penas de entre 5 y 13 años de prisión por privación ilegítima de la libertad, tortura, vejaciones, severidades, apremios ilegales y homicidio doblemente calificado.
El 22-11-2022, el tribunal condenó al Ayudante Mayor Lois del SPF a 2 años de prisión en suspenso por severidades agravadas con violencia contra un interno el 03-08-2018 en la Unidad 14 de Esquel, tras golpearlo reiteradamente.
El 13-03-2019, el Tribunal de alzada resolvió revocar la sentencia que ordenaba el sobreseimiento de Raúl F.R., Marcelo Mariano Aguirre, Santiago Adolfo Brites y Alfio Ezequiel Carmona, y dictó el procesamiento de los nombrados en orden al delito de torturas en concurso ideal con abuso sexual agravado en calidad de autores, esto en función de los hechos que hubieran ocurrido en el Complejo Penitenciario Federal I, el 24 de agosto de 2014.